MAPIM digerakkan oleh sebuah Sekretariat Kongres Umat Islam Se-Malaysia (KIMA). Ia ditubuhkan oleh kepimpinan yang mewakili pertubuhan-pertubuhan Islam yang menyertai Kongres Umat Islam Se-Malaysia. Kongres ini berjaya dilaksanakan pada tahun 2006 di Kompleks Yayasan An Nadhah, Kubang Semang, Pulau Pinang. Tercetus idea penubuhan MAPIM setelah Persidangan Kebangsaan Pertubuhan-Pertubuhan Islam pada 27-28 Oktober 2007 yang diadakan di Kota Bharu, Kelantan. Penubuhan ini terkandung dalam Resolusi Deklarasi Permuafakatan Serambi Mekah (DPSM). Pada 17 Ramadhan 1429H/2008, MAPIM terus menapak selangkah lagi dengan satu sidang khas pertubuhan-pertubuhan Islam bertempat di kediaman Menteri Besar Perak.'Dalam pertemuan ini, kepimpinan yang mewakili pertubuhan Islam seperti ABIM, JIM, TERAS, PUM, JAMAIY, PAKSI, PKPIM dan lain-lain NGO Islam telah bersetuju menerima pakai kaedah dan peraturan MAPIM untuk memperjelaskan lagi struktur da mekanisme pergerakan MAPIM. 

Pada 1 Muharram 1430H/2009, dalam sidang berikutnya berlangsung di Pendang, Kedah, MAPIM berjaya menghasilkan dokumen rujukan bagi melicinkan lagi gerakan MAPIM di peringkat nasional.

Saat ini MAPIM bergerak secara aktif dengan pelbagai program di peringkat kebangsaan dan ikut terlibat dalam isu-isu umat Islam antarabangsa. Pada 29 Oktober 2012, MAPIM telah didaftarkan sebagai sebuah pertubuhan dengan nombor pendaftaran: PPM-009-10-29102012. Kini MAPIM adalah rakan perundingan dengan pertubuhan-pertubuhan Islam yang lain untuk mewujudkan persepakatan dalam tindakan mendepani isu-isu Islam, perbincangan berterusan mengenai kaedah dakwah Islam yang berkesan dan perkongsian maklumat dari masa ke semasa.